Setzt man sich mit der Gegenwart Neunkirchens auseinander, taucht unweigerlich die Frage nach der frühesten Besiedelung in diesem Raum auf. Die Antwort ergab sich, wie so oft, durch einen Zufall. Wahrend Feld- bzw. Kanalisationsarbeiten wurden in den 20er Jahren, 1957 und 1958 einige vollkommen erhaltene Urnen und Teilstücke hiervon in Honings, Dormitz und Neunkirchen ans Tageslicht befördert. Ein Exemplar ruhte in unmittelbarer Nähe des derzeitigen Neunkirchner Friedhofs.
In der sogenannten Hallstattzeit (1000-500 v. Chr.), die die Urnenfelderkultur einschließt, fanden diese Urnen Verwendung bei den damals üblichen Brandbestattungen. Sie wurden in flachen Gräben (etwa 40 cm tief) in sandigem Erdreich beigesetzt. Einige Gefäße sind von Hand, andere mit der Drehscheibe hergestellt. Verziert wurden sie mit kleinen Ornamenten, bestehend aus senkrechten und schrägen Strichen in gleichen Abständen.
Diese Funde zeigen, dass sich schon in vorgeschichtlicher Zeit gerne Menschen rund um den Hetzles ansiedelten. Die überlieferte und urkundlich nachweisbare Geschichte beginnt später.
Die genaue Ortsgründung liegt im Dunkeln. Es darf jedoch angenommen werden, dass sie in die Zeit zwischen 1050 und 1100 fallen dürfte. Die Gründung erfolgte von Seiten des Bistums Bamberg. Man rodete und brannte den Wald aus und siedelte Bauern an dem Wasserlauf, dem Brandbach, an. Bald entstand eine neue Kirche, die dem Ort den Namen gab: zur neuen Kirche auf dem Brande.
Von Anbeginn war dem Ort Neunkirchen am Brand die Rolle eines Mittelpunktes gegeben worden. Er sollte religiöses, wirtschaftliches und kulturelles Zentrum werden. Bereits seit 1062 war Neunkirchen der Sitz einer ausgedehnten Hofmark, eines Gerichtsbezirkes, der das ganze Gebiet um den Hetzlas umfasste. Durch die Gründung des Augustiner-Chorherrenstiftes 1314 gelangte Neunkirchen zu Ansehen und Reichtum.
Im Jahre 1410 erfolgte die Verleihung des Marktrechtes und 1444 kamen Wappen und Siegel hinzu. Das Neunkirchner Wappen zeigt den Schutzpatron der Pfarrkirche St. Michael als Drachentöter bei einer Kirche mit neun Türmen. Sie stellt die Mutterkirche Neunkirchen dar mit den acht Filialkirchen, die zu dieser Hauptkirche gehörten.
Zum Schutze der Menschen und Güter begann man zu Beginn des 16. Jahrhunderts mit dem Bau der Wehranlage, der Tore und Basteien, von welchen heute noch die Torbauten erhalten sind. Neunkirchen hatte damals einen stadtähnlichen Charakter. Der 1525 ausbrechende Bauernkrieg brachte viel Verwüstung und Schaden mit sich und auch die Reformation ging nicht spurlos an Neunkirchen vorüber. Das Kloster musste seine Tore schließen und das Ansehen, aber auch das wirtschaftliche und kulturelle Leben erschlaffte. Der Markgrafenkrieg 1552 brachte mit der Belagerung markgräflicher Truppen einen großen Rückschlag für den Ort. Der 30-jährige Krieg hatte ebenso verheerende Folgen. Man nennt 1632 das schlimmste Kriegsjahr, nachdem man ausgebrannte Höfe, verwüstete Felder und menschenleere Wohnungen vorfand. Dann erholte sich der Ort wieder langsam und blieb bis 1796 verschont, als die französischen Revolutionsheere in Bayern einfielen und auch Neunkirchen unter diesen Ereignissen zu leiden hatte.
Im Jahre 1804 erfolgte die Einrichtung eines Landgerichtes und eines Rentamtes mit dem Sitz in Neunkirchen. Um 1800 war die Struktur des Ortes völlig gewerblich ausgerichtet. Es gab kein Anwesen, das alleine landwirtschaftlich genutzt wurde. Am 22.11.1886 wurde eine Sekundärbahn, scherzhaft "Seku" genannt, installiert, die Neunkirchen an das Bahnnetz zwischen Erlangen und Eschenau anschloss (sie verkehrte bis zum 18.02.1963).
Man legte im Laufe der nächsten Jahrzehnte Wasserleitung, elektrisches Licht, gründete eine Postexpedition und eine Gendarmeriestation. Der erste Weltkrieg ging an dem Ort vorüber, ohne größeres Unglück angerichtet zu haben.
1926 brachte eine Hochwasserkatastrophe großen Schaden mit sich. Die Jahre nach dem zweiten Weltkrieg brachten für Neunkirchen manche Veränderung. Der Ort musste den Zuzug von einer großen Zahl von Flüchtlingen und Heimatvertriebenen bewältigen. So entstanden die Siedlungen außerhalb der Marktbefestigung. Im Zuge der Zusammenlegung kamen noch einige umliegende Ortschaften hinzu und die Bevölkerungszahl wuchs. Es wurden Industriebetriebe gegründet und so Arbeitsplätze geschaffen.
Neunkirchen zählt heute über 8000 Einwohner mit sieben zur Marktgemeinde gehörenden Ortschaften. Die bäuerliche Bevölkerung in den Ortsteilen baut in Sonderkulturen Kirschen, Erdbeeren, Meerrettich und Spargel und früher auch Tabak an.
Die beiden Kirchen bilden mit ihrer segensreichen Arbeit den wichtigsten Faktor in Erziehung und Seelsorge in der Gemeinde. Neunkirchen am Brand hat durch die Arbeit zahlreicher aktiver Vereine ein reichhaltiges kulturelles und sportliches Gemeindeleben aufzuweisen. Durch die verhältnismäßig große Anzahl von Industrie- und Gewerbebetrieben ist das wirtschaftliche Leben gesichert.